日本的高等教育是以初等教育（小学6年）及中等教育（初中3年，高中3年）的12年教育为基础的。日本的高等教育机构大致分为五大类：大学、研究生院、短期大学、高等专门学校、专科学校。前两种学校由于政策上的原因，申请时有一定难度，而申请后三种学校的机会相应大一些。这些机构按所有性质又可分为国立，公立，私立三种。目前，日本文部省作为国家教育最高行政机关管辖着日本的学校教育，相当于我国的教育部。
日本除小学和初中实行义务教育外，进入高中及以上的高等教育机构就需支付一定的学费。
短期大学
短期大学的学制通常为二年，开设多为教育、保健、外语、旅游、秘书、美术、家政社会科学等实用性专业。学生毕业后可获得短期大学毕业文凭和相应的资格证书，并获得在日本就职的机会，希望继续深造的学生可申请插入相应学科的本科三年级学习。与大学(本科)相比具有入学容易、学制短、学费便宜等优势。
高等专科学校
高等专科学校学制通常为五年，是专门培养技术人员的学校，以工业专科、商船专科学校为主。学生毕业后可获得“准学士”称号。高等专科学校一般不直接招收海外学生但有少部分学校接受插班生申请。
专科学校的学制通常为二年，以职业教育为主，学生毕业后通过规定考试可获相应的国家资格证书，从而获得就业机会。海外学生申请专科学校，一般需要具备二级日语合格能力，并通过学校的面试。
研究生院
大学院即我国的研究生院，设有硕士和博士课程硕士在日本被称做“修士”，硕士课程通常为2年，申请入学者只限于受过16年学校教育，已经大学毕业，或被认可具有同等学力的人。学生取得专业科目的必要学分，通常为30以上的学分，考试合格并通过硕士论文审查即可取得硕士学位。有些学生在学习期间成绩优异，或者有突出的科研成果，可提前取得硕士学位，学习年限可减少到1年。
博士课程
日本的博士课程学制通常为3年，但医学，牙医学，兽医学的博士课程学制通常为4年。博士课程申请者只限于具有硕士学位，或被承认具有同等学力者。日本的博士生分为两种，一种为课程博士，另一种为论文博士。课程博士生应取得30以上的学分（包括在硕士课程中取得的学分），考试合格并通过论文审查即可获得博士学位。论文博士可以不在学，根据学校的有关规定，通过博士论文审查，具有博士课程修了者同等以上学历，也可获得博士学位。
学制
日本学校的学年年度从每年的4月开始到下一年的3月结束。学期一般采用前期（上学期）为4-9月，后期（下学期）为10月至次年3月的两学期制。日本学校的假期一般为每年3次：暑假7月上旬至8月下旬，寒假12月下旬至次年1月上旬，春假2月下旬至4月上旬。以攻读学士学位为目的的学生，一般要求在4月入学。研究生（即大学院生）一般也要求在4月入学，但有的学校也可在各个学期入学。
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